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Im Verlauf des Mittelalters fand eine tiefgreifende Umgestaltung der Landschaft in Norddeutschland statt. Zusammenhängende Waldlandschaften sind nur noch im Harz und im Thüringer Wald zu erkennen, daneben zwei von Eichen dominierte Waldinseln im Bereich des heutigen Niedersachsen. Erhalten sind außerdem noch die Erlenbruchwälder der moorigen Niederungen, denn sie wurden lange Zeit als Siedlungsgebiet gemieden. Überall sonst wurde der Wald durch Rodung zurückgedrängt. Es entstand die mittelalterliche Kulturlandschaft mit ihrem charakteristischen Nutzungsmosaik aus Wäldern, Wiesen, Weiden und Acker, wobei die Grenzen zwischen den einzelnen Nutzungsarten innerhalb der Flur unscharf waren.

Landschaftswandel
Die Küstenlinien wurden den heutigen allmählich ähnlicher. Aber es kam auch später noch zu Veränderungen der Grenzlinie zwischen Land und Meer. Im hohen Mittelalter wurde der Ring der Deiche an der Nordseeküste geschlossen. Viele der frühen Deiche waren jedoch noch nicht hoch genug, sodass sie von nachfolgenden Sturmfluten zerstört wurden und das Wasser weit ins Hinterland eindrang. Auch stieg der Meeresspiegel noch immer leicht an, wodurch in späterer Zeit vor allem Inseln in Nordfriesland untergingen. Einige, aber nicht alle der untergegangenen Ländereien konnten jedoch nach den Sturmfluteinbrüchen wieder eingedeicht werden. Die Ost- und Westfriesischen Inseln veränderten ihre Lage durch den Einfluss von Meeresströmungen, bevor sie in den letzten Jahrhunderten durch Küstenschutzmaßnahmen stabilisiert wurden. Das Gebiet der westlichen Wesermündung, das nach Eindeichungen nicht mehr vom Wasser des Flusses durchströmt wurde, wurde ebenfalls erst nach dem Mittelalter zu eingedeichtem Land. Im westlichen Mündungsarm der Weser hat sich bei verschiedenen Sturmfluten seit dem Mittelalter der Jadebusen gebildet.

Siedlungsgründungen
Neben der Umgestaltung der Naturlandschaft zur mittelalterlichen Kulturlandschaft ist die Zahl der festen Siedlungen und Verkehrswege die zweite besonders auffällige Veränderung gegenüber dem Zustand um 50 n. Chr. Die Gebiete westlich der Elbe waren schon länger besiedelt. Die Siedlungen in diesem Gebiet sind deshalb auch meist deutlich älter als die Siedlungen östlich der Elbe, die erst mit der deutschen Ostkolonisation dem Heiligen Römischen Reich angegliedert wurden. Die Kolonisierung erfolgte nicht nur von weltlicher Seite, sondern ging auch von der Kirche aus. Weltliche und geistliche Siedlungszentren lagen dabei oft nebeneinander. Eine Ausnahme bildeten die Zisterzienserklöster wie Zinna und Lehnin, die eine Pionierfunktion hatten und explizit zur Landerschließung in dünn besiedelten Gebieten gegründet wurden. In vielen Städten gab es sowohl weltliche als auch geistliche Herren, die sich zwar auch gelegentlich bekämpften, im Wesentlichen aber gemeinsame Ziele verfolgten: die Kolonisierung und Stabilisierung des Landes. Aufstände zeugen vom Widerstand der kolonisierten Slawen.
Im Mittelalter wurden die meisten der heute existierenden Siedlungen erstmals urkundlich erwähnt. In dieser Zeit entstanden die Grundzüge der gegenwärtig noch immer gültigen Siedlungsmuster. Die verschiedenen Faktoren, die zu Stadtgründungen führten, sind vielfältig. Oft kamen mehrere solcher Faktoren zusammen. Zu den typischen stadtbildenden Faktoren zählen:

- die Lage an einem besonders günstigen Flussübergang (Magdeburg, Berlin),
- die Lage an einem Küstenabschnitt, der für einen Hafen besonders gut geeignet war (Rostock an der Mündung der Warnow, Lübeck an der Mündung der Trave),
- die Siedlungsgründung in der Nähe kirchlicher Zentren (Münster: Kloster) oder in der Nähe von Burgen/Pfalzen (Hamburg),
- die Gründung von Marktorten und Handelsplätzen (Wik) an Fernhandelsstraßen oder deren Kreuzungen (Magdeburg),
- die Fortschreibung der slawischen Siedlungsgründungen (Brandenburg),
- machtpolitische Erwägungen des jeweiligen Landesherrn.
H. Küster